
어릴 적 어머니를 잃고, 해안가 아파트에서 혼자 사는 고등학생 이부키 케이타. 어느 날 밤, 노점 라면 가게에 들른 케이타 앞에 ‘쿠로’라고 자칭하는 소녀가 나타난다. 돈을 낼 수 없는 쿠로에게 라면을 사 주는 케이타. 쿠로는 똑같은 얼굴을 가진 사람이 만나면 죽게 된다는 이야기를 꺼내기 시작한다. 케이타는 ‘도펠라이너
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이 세상에 인간은 모두 도플라이너로서 존재한다. 하나의 테라를 각기 다른 양으로 고유하며... 그들 중 2인 이상이 서로를 목격하면, 둘은 소멸한다. 순리에 어긋나지 못하게 하는 것. 공존균형이 지구가 정한 그 법칙에 따라, 3인 중 1이 남고 살아남은 1은 소멸된 2인의 모든 테라를 가져 루트가 된다. 하지만... 오랜 시간이 흐르며 이 지구에 3인이 아닌 숫자가 생겨나기 시작했다. 4인... 또는 2인의 도플라이너... 이들은 서로가 목격하여 소멸해도 1을 남길 수 없기 때문에 불완전한 숫자로 존재했다. 따라서 지구는 이 불완전한 1을 제거하기 위해... 천적을 탄생시켰다. 그들은 불완전한 숫자의 인간을 압도적으로 제지할 수 있도록 인간보다 월등히 강한 신체 능력, 생명력, 적응력을 지닌- 전혀 별개의 포유류로 탄생되었다. 그런 그들을 과거의 사람들은 원신령(元神靈)이라고 불렀다.

어릴 적 어머니를 잃고, 해안가 아파트에서 혼자 사는 고등학생 이부키 케이타. 어느 날 밤, 노점 라면 가게에 들른 케이타 앞에 ‘쿠로’라고 자칭하는 소녀가 나타난다. 돈을 낼 수 없는 쿠로에게 라면을 사 주는 케이타. 쿠로는 똑같은 얼굴을 가진 사람이 만나면 죽게 된다는 이야기를 꺼내기 시작한다. 케이타는 ‘도펠라이너
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쿠로가 말한 ‘같은 얼굴을 가진 사람이 만나면 죽게 된다’는 인간의 운명, 리사, 마유, 그리고 어머니도 그 운명에 따라 죽고 말았던 것일까—. 고민에 빠진 케이타가 학교에서 집에 돌아오니, 집에 쿠로가 들어와 있었다. 배가 고파서 케이타 집 앞에서 쓰러져 있던 것을 아카네가 데려온 모양이다. 뻔뻔한 소리를 하는 쿠로에게
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케이타가 학교에 간 동안, 쿠로는 집에서 집을 지키게 되었다. 혼자 훈련에 매진하는 쿠로. 그때 새로운 트라이벌 엔드들이 쳐들어왔다. 계약한 지 얼마 되지 않아 전투 능력이 떨어진 쿠로는 제대로 싸우지 못하고, 일방적으로 당하고 말았다.
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학교에서 도망친 케이타와 쿠로는 식당에서 아카네와 합류했다. 아카네는 경찰에 신고하자고 제안하지만, 케이타는 정체를 알 수 없는 상대에 대해 믿어주지 않을 것이고, 상대해 주지도 않을 것이라며 별로 내키지 않아 한다. 트라이벌 엔드를 조종하고 있는 것은 쿠로의 형이며, 그 형을 쓰러뜨리기 위해 함께 싸우자고 쿠로는 말하지
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갑자기 나타난 유럽 연합 조직 TNO(더 노블 원)의 전 신령 슈타이너와 결투를 벌이게 된 케이타와 쿠로. 강인한 슈타이너에게 쿠로의 공격이 전혀 통하지 않아 일방적으로 당하고 만다. 그런 와중에 케이타는 쿠로와 함께 싸우고 싶다는 마음이 싹트기 시작했다. 더 깊은 싱크로를 이룬 케이타와 쿠로, 그때 쿠로의 초월(익시드)
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케이타는 전직 신령 미즈카미에게 붙잡혀 버린다. 그녀는 히루로부터 의뢰를 받은 전직 신령으로, 쿠로를 붙잡으라는 명령을 받고 있었다. 미즈카미는 케이타를 인질로 삼아 쿠로를 불러낸다. 미즈카미는 계약자인 케이타를 죽일 생각이었으나, 어떤 중대한 사실을 깨닫고 계획을 변경한다.
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“서브 계약자는 싸움의 부담을 견디지 못하고 죽음을 맞이한다—” 미카미의 말이 케이타에게 무겁게 짓누른다. 마음이 복잡해진 채 오키나와로 향하는 케이타는, 공항으로 가는 도중 트라이벌 엔드의 습격을 받고 있던 전직 신령과 그 계약자를 마주친다. 그는 쿠로의 과거를 알고 있는 시시카미 일족의 전직 신령 야쿠모로, 쿠로를 ‘
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쿠로 역시 어머니를 잃은 상태였다. 그 사실은 케이타가 싸우기로 결심하는 계기가 되었고, 두 사람의 유대감 또한 깊어진다. 오키나와에 도착한 케이타 일행은 할아버지 댁을 거점으로 삼아, 어머니의 죽음과 쿠로의 오빠에 관한 유일한 단서인 사진을 바탕으로 조사를 시작한다. 며칠이 지난 어느 날, 케이타 일행은 '카쿠마'와 '
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카쿠마와 마카나로부터 7년 전의 사건에 대해 이야기를 들은 케이타는 사진과 레이진에 관한 작은 단서를 얻는다. 하지만 조연에 불과한 자신이 폭주하는 원신령을 막을 수 있을지, 케이타의 마음에는 불안이 스친다. 해변에서 혼자 사우전드 연습을 하고 있던 케이타 앞에, 어머니와 꼭 닮은 여성·시노부가 모습을 드러냈다.
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케이타와 합류한 쿠로는 히루를 떨쳐내고 공세로 전환하지만, 익시드·마류토다에 의해 다시 몸을 구속당하고 만다. 몸부림치며 벗어나려 애쓰는 쿠로였지만, 싱크로가 끊겨 힘을 발휘할 수 없었다. 그때, 케이타는 히루의 계약자가 사용하는 금기의 힘에 의해 용량(테라)을 빼앗겨, 임사 상태에 몰려 있었던 것이었다.
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엄청난 용량(테라)을 소모해 의식을 잃은 케이타를 구한 것은 4년 전에 죽었을 터인 절친 사와무라였다. 사와무라는 케이타에게 자신의 과거를 이야기하며, 케이타에게 협력을 요청했다. 그는 도펠라이너 시스템을 이용해 이상적인 사회를 만들겠다고 했지만….
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영석의 파괴를 막기 위해 쿠로와 케이타는 레이진과 맞서고 있었다. 싱크로하여 싸움을 걸어온 두 사람이었지만, 레이진과의 힘의 차이는 명백했고 쿠로의 공격은 전혀 통하지 않았다. 싸움 도중, 케이타는 간신히 남아 있던 힘을 쿠로에게 보내고 쓰러지고 말았다. 계약자인 케이타의 죽음을 의식해 버린 쿠로는 그의 목숨을 걱정하며,
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오키나와에서의 전투로부터 반년 후—. 레이신이 사라진 후, 쿠라키는 마스터 루트 일행의 힘을 이용해 원신령들의 지배를 확대해 나가고 있었다. 쿠라키의 암약으로 인해 TNO 일본 지부의 일부 철수가 이루어졌고, 보호를 받고 있던 야쿠모 일행도 조금씩 궁지에 몰려갔다. 그 무렵, 레이진이라는 목표를 잃고, 케이타를 의식불명
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케이타 일행은 베른하르트와 TNO의 협력을 얻어 쿠라키가 있는 카이온지 호텔에 잠입한다. 카이온지 일족과 총재, 저명한 인사들이 모인 행사장에서는 쿠라키의 부총재 취임 축하 파티가 열리고 있었다. 연설을 하고 있는 쿠라키 앞에 나타난 케이타는 다시 한번 그와 대면하게 된다. 같은 시각, 계속해서 이용당해 온 자신의 운명을
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신라는 레이신을 따르던 시시카미 일족의 전 신령이었다. 레이신이라는 절대적인 주인을 잃은 그는, 죽을 곳을 찾아 수라의 길로 몸을 던졌다. 카이온지 최강의 용량을 지닌 계약자의 힘으로 엄청난 파괴력을 발휘하는 신라. 그를 쓰러뜨리고, 아카네를 구해낼 수 있을까!?
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자신의 루트와 마주하게 된 케이타. 쿠라키는 충격을 받은 그에게 거래를 제안한다. 그것은 살아남기 위한 유일한 수단, 마이너스 루트가 되는 것이었다. 중대한 결단을 내려야 하는 케이타, 그리고 계속 싸워나가는 쿠로. 과연 두 사람을 기다리고 있는 운명은 무엇일까!?
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‘맑은 곳’의 수수께끼를 풀기 위해 영석을 향해 나아가는 케이타 일행 앞에, ‘남’이라 자칭하는 원신령이 나타난다. 그녀는 이 세상의 창세에 대해 알고 있는 몇 안 되는 원신령 중 한 명이었다. 남이 들려주는 창세 신화는 도펠라이너 시스템과 영석의 수수께끼를 풀 단서가 될 것 같지만—.
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영왕석 쪽으로 서둘러 향하는 케이타 일행의 앞을, 마신의 힘을 노리는 전신령 텐마와 그 계약자 코하쿠가 가로막는다. 텐마의 익시드 ‘료란유조’라는 골치 아픈 능력 때문에 쿠로 일행은 발이 묶이고 만다. 한편, 복수를 맹세한 엑셀은 레이진과 대치한다. 미즈카미와 계약하여 새로운 능력을 습득한 엑셀은 한 방을 날릴 수 있을까
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레이진과 쿠로, 인연의 싸움의 서막이 올랐다. 테라 순환의 능력을 손에 넣은 쿠로는, 빛의 구체를 다루는 레이진과 대등 이상의 싸움을 펼친다. 서로 호흡을 맞추며 주고받는 주먹. 싸움의 끝에 그들은 무엇을 보게 될까.
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레이진에 의해 파괴된 영왕석은 어둠 속으로 빨려 들어간다. 그에 호응하듯 땅은 흔들리고, 하늘은 어두워지며, 영왕석이 있던 공간에 암흑의 구체가 나타난다. 어둠 속에서 나타나는 수수께끼의 마물들. 시작되는 진신의 힘의 부활, 그리고 점차 밝혀지는 레이진의 계획. 쿠로 일행이 알게 될 진실은 과연 무엇일까!?
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진신의 힘으로 화염과 냉기에 둘러싸인 맑은 곳에서, 진신과 레이진의 싸움이 시작되었다. 용암과 얼음 덩어리의 일격을 맞은 레이진이었지만, 사우전드 아이오라이트 어비스에 의해 강화된 익시드 ‘치히로 시호’의 파괴력은 진신의 육체를 능가한다. 한편, 각성한 쿠로는 케이타와 함께 레이진이 있는 곳으로 향하지만—.
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마신의 힘을 얻은 쿠로는 케이타와 심신을 하나로 합쳐 마신에게 싸움을 건다. 레이진의 엑시드 때문에 재생 능력을 잃은 마신은, 육체를 하나로 융합시켜 새로운 힘을 얻는다. 싸움의 끝이 코앞에 다가온 가운데, 쿠로와 케이타는 마신을 물리치고 모든 것에 종지부를 찍을 수 있을까.
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마지막 싸움으로부터 몇 년 후, 어느 결혼식. 웨딩드레스를 입은 아카네 앞에는 쿠로의 모습이 없다. 케이타와의 추억, 쿠로와의 만남, 그리고 시작된 싸움— 아카네의 머릿속에 온갖 장면들이 떠오르곤 사라져 간다.
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